Zoals vrijwel alle stadstuinen uit de Gouden Eeuw was het ontwerp strak geometrisch, waarbij regelmaat en symmetrie de boventoon voerden. Met de komst van het Bijbels Museum als ‘bewoner’ van de bovenste etages van het Cromhouthuis is ook in het tuinontwerp een verwijzing naar de Bijbel verwerkt.
Hortus Conclusus
De grote omsloten tuin, of hortus conclusus, van het museum is in 1994 aangelegd door tuinarchitect Arend Jan van der Horst. In 2009 is de tuin opgefrist en meer in overeenstemming gebracht met het oorspronkelijke concept. Het is een historische symmetrische tuin, vol met bijbelse bomen, planten en waterpartijen en in de opzet is veel symboliek terug te vinden.